Спроведува заштита на природата преку заштита на биолошката и пределската разновидност и заштита на природното наследство во заштитени подрачја и надвор од заштитени подрачја, како и заштита на природните реткости
Според постоечката систематизација на МЖСПП е составен од Одделението за заштита на природното наследство и Натура 2000, Одделение за биодиверзитет и генетски модифицирани организми и Одделение за уредување на просторот во заштитени подрачја и геодиверзитет
Секторот природа спроведува активности за заштита на природата преку:
- валоризација на природните вредности и ревалоризација на заштитени подрачја,
- прогласување на заштитени подрачја и природни реткости,
- мониторинг на состојбата со природата, односно мониторинг на живеалишта и видови од национално и Европско значење и мониторинг на објекти на геодиверзитетот
- идентификација на потенцијални подрачја на национално ниво за идната Европската еколошка мрежа Натура 2000
- изработка на Црвени листи за одделни таксономнски групи растенија, животни и габи
- воспоставување и развој на концептот за екосистемски услуги
- развој на концептот за решенија засновани на природата
- врши стручен надзор на спроведувањето на планови за управување со заштитените подрачја,
Во рамки на управна постапка Сектор природа ги спроведува следните активности:
- врши ажурирање на националната легислатива за заштита на природата (Закон за заштита на природа и подзакконски акти)
- издава согласност на планови за управување со заштитени подрачја и на годишни програми за заштита на природата на заштитените подрачја
- издава дозволи за научно истражување во природата
- издава дозволи за собирање на засегнати и заштитени диви видови растенија, габи и животни
- издава ЦИТЕС дозволи за регулирање на меѓународна трговија со загрозени диви растителни и животински видови, нивни делови и деривати.
- изготвува стручни мислења во постапка на донесување на планска документација за уредување на просторот во заштитени подрачја
- издава мислења за податоци и инфорамции за проекти и активности во природата
- изготвува мислења за Владини седници по однос на закони, подзаконски акти и информации од други државни институции
Студии
Студија за ревалоризација на Националниот парк „Маврово"
Анекс на Студијата за ревалoризација на споменикот на природата - Долна Пчиња
Студија за ревалoризација на споменикот на природата-Катлановски Предел
Студија за валоризација на Белчишко Блато
Студија за валоризација на Охридското Eзеро Споменик на природата
- Студија за валоризација на Споменик на природа Охридско Eзеро
- Иницијатива од Општина Охрид
- Заедничка изјава
Студија за валoризација на природните вредности на Малешевските Планини и Влаина
- Студија за валoризација на природните вредности на Малешевските Планини и Влаина со предлог за формирање на заштитен предел “Малешево”
- Иницијатива за прогласување на заштитено подрачје “Малешево”
Студија за валoризација на Шар Планина
- Студија за валoризација на Шар Планина_Усогласена верзија
- Зонирање на НП Шар Планина
- Студија за валoризација на Шар Планина
- Предлoг надвoрешни и внатрешни граници на иднo заштитенo пoдрачје Шар Планина
Студија за валоризација за предлог подрачјето за заштита „Осоговски Планини“ во категорија заштитен предел
- Анекс II на Студија за валоризација за предлог подрачјето за заштита „Осоговски Планини“ во категорија „заштитен предел“
- Анекс на Студија за валоризација за предлог подрачјето за заштита „Осоговски Планини“ во категорија „заштитен предел“
- Писмо по Анекс предметот
- Студија за валоризација за предлог подрачјето за заштита „Осоговски Планини“ во категорија „заштитен предел“
Студија за валоризација на Студенчишко Блато
- Одлука Совет
- Иницијатива општина
- Студија за валоризација на Студенчишко Блато
- Карта со надворешни граници и предлог зони
Ревидирна Студија за ревалоризација на прирoдните вредности на заштитеното подрачје споменик на природата Кањон Матка
- Ревидирна Студија за ревалоризација на прирoдните вредности на заштитеното подрачје споменик на природата “Кањон Матка”
- Писмо – Иницијатива од Град Скопје
- Карта со предлог гранции за заштитеното подрачје споменик на природата “Кањон Матка”
-Студија за валоризација на заштитеното подрачје Парк-шума „Водно“
-Прирачник за следење за езерски видови и живеалишта на Преспанското, Охридското и Скадарското Езеро
-Студија за валоризација на природните вредности во повеќенаменското подрачје „Јасен“
-Студија за валоризација на природните вредности на Планината Беласица
-Студија за ревалоризација на заштитеното подрачје Маврово
-Физибилити студија за Езерани
-Валоризација на природните вредности на Шар Планина и проценка на нивната пазарна вредност