Секторот води е одговорно за спроведување на постапките за користењето и експлоатацијата на водните ресурси, заштитата од штетното дејство на водите, заштита на водата од сеопфатна екстракција и загадување, управување со водните ресурси, преку издавање на дозволи за користење на води, дозволи за испуштање во води и дозволи за вадење на речен материјал од речните корита заради подобрување на режимот на водите, како и издавање на водостопански согласнсоти и спроведување на постапки за концесии на водите.
Согласно законските прописи, секторот подготвува информации, мислења, согласности, решениа кои произлегуваат од Законот за водите и спроведување на проекти и програми во делот на водите.
Исто така, е надлежен за стручна подршка и учество во подготовка на законски и подзаконски акти, координација и имплементација на меѓународни договори и имплементација на ратификувани конвенции.
Секторот за води постапува по предмети во кој најголем дел се Управни постапки за оставрување на води права за:
- Дозволи за користењена вода,
- Дозволи за испуштање во води,
- Издавање на Дозволи за вадење на песок, чакал и камен од речните корита,
- Издавање на Водостопански согласности
Покрај тоа, СВ подготвува акти и спроведува постапки кои се однесуваат на:
- Издавање на концесии за МХЕ и концесии за флаширање на вода,
- Подготовка и реализација на годишната Програма за управување со водите,
- Подготвување Информации до Влада,
- Издавање Мислења по други Владини информации,
- Издавање мислења за концесии за минерални суровини,
- Издавање мислења за урбанистички проекти или планови,
- Издавање на Согласност за определување на ширина на крајбрежен појас,
- Мислења по елаборати за заштитни зони, како и согласност на Одлуката за определување на санитарни заштитни зони,
- Одобрување на оперативни планови за справување со поплави, како и мислења на чистење на речните корита.
СВ континуирано е вклучен во:
- ажурирање на Националната програма за европската унија (НПАА),
- подготовка и измени на закони и подзаконски акти,
- подготовка на стратегии, програми, планови и др. акти,
- учество во комисии за: концесии, евалуација на проекти ...,
- следење на современата техничка и правно-нормативна регулатива,
- собирање на податоци по обврските од дозволите,
- учествува во изработка на Планови за управување со речните сливови,
- изработка на Програма на мерки,
- прибира податоците од мониторингот на водите согласно издадени дозволи,
- прибира податоците од платени надоместоци согласно издадени дозволи
- теренски увид на локации согласно Законот за водите,
- подготвување на месечни, квартални, годишни извештаи и
- учество и реализирање на тековни проекти, итн.